科研处是在校党政领导下，负责全校科学研究、技术开发、成果推广、科研机构及学术交流等工作的管理机构，其主要职责是：
1、学术品德管理。在全校范围内形成活跃的学术气氛，加强校内和校际间的学术交流与合作。有科学创新精神，勇于探索、勇于攀登，用科学的实事求是的态度扎扎实实搞科研。防止低水平重复现象；杜绝剽窃、抄袭行为和弄虚作假现象。
2、科研规划管理。根据国家有关科学技术的方针和政策，组织编制学校科研的中长期发展规划和年度计划；制定并逐步完善有关科研的各项管理制度；研究与掌握科研活动中的战略性和倾向性问题，提出改进意见，供校领导决策。
3、科研立项管理。组织各类科研课题的申报，促进纵、横向科研课题的设立，定期编印南阳医专科学研究计划。
4、科研经费管理。对纵向和横向科研项目经费、推广项目经费、校内科研基金等，按照国家、省部及学校的有关规定等进行管理。
5、科研计划中后期管理。组织和督促各部门科研项目的实施，定期检查进度，编印公告，对完成的项目进行鉴定或验收，及时总结和推广科研中的先进经验。
6、科研成果管理。定期分类编印《南阳医学高等专科学校科学研究成果公报》，积极组织成果的鉴定和登记，对符合条件的成果及时申报各级各类奖励；做好专利的申报与管理；负责学校的知识产权保护工作。
7、科研奖惩管理。制订有利于激励科研持续发展的科研奖惩条例，负责科研奖励的具体实施，定期召开科研奖惩大会。
8、信息管理。及时收集并通过校园网、下发文件、张贴通知等形式发布科研招标、成果申报等各类科研信息；做好科研的技术资料管理（项目密级、可行性分析、方案论证等）和各类科研统计工作（科研人员状况、项目、经费、科研成果开发、学术交流等的完成情况）；及时完成各类统计报表的报送与交流。
9、科研机构管理。组织制订科研机构，尤其是各级（国家、省、市）重点实验室、研究所等的建设规划；做好校内科研机构的设立、评估和管理工作；与有关部门配合，对各类科研机构的科研方向和规划等提出建议，并协助做好科研机构的设备购置、项目申报等工作，检查科研机构的工作进展，及时提出改进意见。
10、科技开发与成果推广管理。大力组织科技人员开展技术开发、技术转让、技术培训、技术咨询等活动，及时收集整理本校科技成果，积极向社会推广；协助解决技术转让实施过程中的具体问题。
11、学术交流管理。协助各部门组织好在我校召开的各级各类学术会议和学术报告会；组织好国际科技合作的有关项目；组织协调校内学术交流活动；负责科学研究、科技交流的对外联络、报导及涉外科技交流的保密审查工作。
12、档案管理。按照《南阳医学高等专科学校科研档案管理办法》做好科研档案管理工作。
13、组织服务配合校学术委员会做好相关科研评审工作。
14、完成上级有关主管部门布置的工作。
15、做好校领导布置的其他工作。